水性油墨相对溶剂型油墨根本性的不同：
1.衔接料的品种。溶剂型油墨用衔接料的选择面比较宽，常见的树脂系统根本都可以作为溶剂型衔接料，比方聚氨酯、聚酰胺、硝化棉、丙烯酸等;而水性系统目前商业化的衔接料产品仅仅局限于丙烯酸树脂以及少量的聚氨酯。这就从根本上决定了水性油墨运用树脂时在功能上没有那么大的可调理余地，只能依靠丙烯酸树脂本身的功能进行调整。
2.水性油墨系统是一个分散体，不是均一接连的系统，这是水性油墨在储存稳定性方面和溶剂型油墨存在差别的一个主要原因。一起成膜的机理也会有差别，溶剂型油墨在溶剂挥发后会立即构成一个相对均一和致密的油墨层;而水性油墨在水挥发后，需求必定的时刻让各个分散体彼此靠近、彼此作用后才能成膜，成膜需求必定的时刻，这也是水性油墨在塑料承印物上即时牢度(又称为下机油墨牢度)欠好的一个重要原因。
3.水性油墨系统需求在碱性条件下才能保持稳定，这就要增加不同品种的胺来调理系统的pH值。
4.水作为一种稀释剂，与溶剂型油墨运用的有机溶剂比较，水的比热容大，沸点高，挥发速度慢;在印刷的时候，同等枯燥条件下，印刷速度没有溶剂型油墨快。而印刷速度慢，导致产能受到影响，直接影响印刷厂的经济效益。这是很多印刷厂不愿意转为运用水性油墨的一个重要原因。
5.水相对于有机溶剂来说，表面张力高，对承印物表面的润湿差，特别是塑料承印物，这直接影响到油墨附着力的进步。
6.水性油墨需求增加各式各样的助剂，比方水性油墨特有的消泡剂和杀菌剂，这进一步加大了水性油墨系统的复杂性。
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